中科新生命臨床縱向隊(duì)列固定RNA單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組新品嘗鮮

目前最火的組學(xué)技術(shù)是什么？單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序毫無(wú)疑問(wèn)是其中之一。然而，和其它組學(xué)技術(shù)相比，單細(xì)胞測(cè)序?qū)τ跇颖镜囊�求又顯得無(wú)比苛刻——新鮮組織從離體到完成單細(xì)胞捕獲的時(shí)間一般不能超過(guò)48小時(shí)。另一方面，隨著精準(zhǔn)醫(yī)療理念的不斷深入人心，臨床隊(duì)列研究也越來(lái)越多地從橫截面研究轉(zhuǎn)向前瞻性縱向隊(duì)列研究。

由此，引出了一個(gè)棘手的問(wèn)題：如果研究者需要在采樣時(shí)間點(diǎn)后一個(gè)月觀察患者狀態(tài)來(lái)決定是否對(duì)該樣本進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序，該如何操作呢？以往，我們通常只有兩種選擇：

·  先完成單細(xì)胞捕獲和建庫(kù)，這種選擇的代價(jià)是付出極高昂的成本；

·  冰凍組織，之后抽核進(jìn)行單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，但這種選擇不太適合所有的研究方向（尤其是關(guān)注免疫細(xì)胞的研究）。

總之，到目前為止還沒(méi)有一個(gè)完美的方案能夠解決單細(xì)胞測(cè)序在臨床縱向隊(duì)列中應(yīng)用的難題。

除了樣本保存困難之外，臨床縱向隊(duì)列的單細(xì)胞生信分析數(shù)據(jù)挖掘也是困擾很多臨床醫(yī)學(xué)研究者的另一大難題。單細(xì)胞測(cè)序本身的數(shù)據(jù)量已經(jīng)是常規(guī)bulk組學(xué)的幾個(gè)數(shù)量級(jí)，一旦再加上縱向時(shí)間點(diǎn)維度，所產(chǎn)生數(shù)據(jù)的復(fù)雜程度讓需要研究者望而卻步。

針對(duì)以上這些痛點(diǎn)問(wèn)題，中科新生命近期推出了“臨床縱向隊(duì)列固定RNA單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組整體解決方案”。該產(chǎn)品主要包含技術(shù)解決方案及生物信息分析解決方案兩部分。

#01

技術(shù)解決方案

技術(shù)部分，采用了 10x Genomics推出的一項(xiàng)新技術(shù)Chromium Fixed RNA Profiling Reagent Kits。這項(xiàng)技術(shù)最核心的特點(diǎn)是能夠鎖定并保存迅速變化的細(xì)胞狀態(tài)，解決單細(xì)胞測(cè)序必須使用新鮮樣本的痛點(diǎn)。從下圖可以看到，在加入RNA固定試劑后再冷凍保存，樣本中檢出的細(xì)胞比例基本沒(méi)有變化，由此可見(jiàn)RNA固定后的樣本穩(wěn)定性。使用該技術(shù)，臨床研究者們可以將單細(xì)胞測(cè)序待測(cè)樣本保存起來(lái)，安心地去做病理切片觀察、WB、或是臨床隨訪來(lái)決定是否啟用該樣本。

圖1 PBMC加入RNA固定試劑后不同保存時(shí)間的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序細(xì)胞檢出情況（數(shù)據(jù)來(lái)源：10x Genomics官網(wǎng)）

#02

生物信息分析解決方案

生物信息分析部分，中科新生命前期已推出重磅臨床研究方案——“縱向隊(duì)列多組學(xué)研究解決方案”，包括“研究方案設(shè)計(jì)-多維度組學(xué)分析-縱向隊(duì)列分析生信挖掘”的一站式服務(wù)，這些生物信息分析模塊不僅適用于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析，更適用于單細(xì)胞組學(xué)與其它常規(guī)組學(xué)的多組學(xué)聯(lián)合分析（如蛋白質(zhì)組、代謝組等），從而幫助研究者充分挖掘珍貴的臨床數(shù)據(jù)。

——  縱向隊(duì)列數(shù)據(jù)生信挖掘——

成熟、成套的四大模塊，及定制化深度挖掘

圖2 臨床縱向隊(duì)列多組學(xué)生物信息分析模塊

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