- 10x分析軟件的使用說明和指導(dǎo)
所有獲得此卡的客戶將會獲得10x軟件的使用指導(dǎo)，以培訓(xùn)班形式進(jìn)行，培訓(xùn)班計劃于2022年2月舉辦。目前已安裝布署了Cell Ranger，Space Ranger 等單細(xì)胞及空間轉(zhuǎn)錄組生信分析工具。
Ø 拆分?jǐn)?shù)據(jù)
從BCL文件格式轉(zhuǎn)化為10x cellranger 需要的fastq文件
Ø 得到表達(dá)矩陣  
Cell Ranger可將Fastq文件進(jìn)一步處理，并分別統(tǒng)計各序列文件的質(zhì)控信息。利用RNA-seq比對軟件STAR(spliced Transcripts Alignment to a Reference),將經(jīng)過下機處理的Read2和參考基因組進(jìn)行比對，并區(qū)分出外顯子區(qū)，內(nèi)含子區(qū)和基因間區(qū)，并統(tǒng)計注釋到轉(zhuǎn)錄本基因組上的reads個數(shù)，得到表達(dá)矩陣，并可以進(jìn)行二級分析，包含PCA降維分析，Graph-based聚類分析，K-Means聚類分析，差異分析等
Ø 合并樣本
不同的處理得到的數(shù)據(jù)，可以通過cellranger aggr進(jìn)行合并，并考慮到測序深度的影響，得到統(tǒng)一的基因表達(dá)矩陣
Ø 精細(xì)化分析
通過cellragner reanalyze 設(shè)定一些參數(shù)，比如指定某群特定barcode進(jìn)行后期分析，去除某些特定基因，使其不參與后期分析
Ø 可視化分析
Loupe Broswer 軟件，可以以圖形方式方便查看數(shù)據(jù)結(jié)果，得到細(xì)胞聚類圖，基因在細(xì)胞聚類圖上的表達(dá)圖及小提琴圖、熱圖’等，并可以根據(jù)已知細(xì)胞類型的marker對細(xì)胞進(jìn)行注釋。也可用Loupe Broswer做某些類之間的差異分析，得到更多的差異基因，做一些探究性的工作。

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10x Genomics是一家生命科學(xué)技術(shù)公司，致力于對生物學(xué)進(jìn)行研究，理解和掌握從而促進(jìn)人類健康。該公司的綜合解決方案包括用于分析生物系統(tǒng)的儀器、試劑耗材和軟件，其所能提供的分辨率和規(guī)模與生物學(xué)的復(fù)雜性相匹配。10x Genomics的產(chǎn)品已被全球的研究人員所采用，其中包括全球100強研究機構(gòu)和全球20強制藥公司，并被3000多篇有關(guān)腫瘤、免疫學(xué)和神經(jīng)科學(xué)等發(fā)現(xiàn)的研究論文引用。公司的專利組合包括超過1100項已發(fā)布的專利和專利申請。
北京怡美通德科技發(fā)展有限公司是10x Genomics的官方授權(quán)代理商，如果您想了解更多關(guān)于10x Genomics的信息，歡迎聯(lián)系我們，電話: 010-84409661，Email: marketing@emtd.com.cn。