羅氏甲基化捕獲試劑創(chuàng)新甲基化研究方法

瀏覽次數(shù)：2540　發(fā)布日期：2014-2-10　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處

自2004年美國批準(zhǔn)Vidaza (azacitidine)可用于血液疾病( 如MDS)的治療以來，通過改變致病基因的表觀遺傳學(xué)特征進(jìn)行疾病治療的方法，為人們帶來了疾病的新治療策略。然而，由于表觀遺傳檢測(cè)方法的局限，要確定基因的堿基在何處以何種程度被甲基化一直以來困擾著研究者，從而難以確定基因表觀遺傳學(xué)的改變也局限了表觀遺傳治療方法的發(fā)展。尤其，要確定樣本的甲基化比例而不僅僅是甲基化發(fā)生的位置，方法非常有限，二代測(cè)序的全基因組重測(cè)序可以解決這一問題，解析基因組水平精確的甲基化圖譜，但這種檢測(cè)的花費(fèi)高和時(shí)間長(zhǎng)。

最近在Nature Medicine上的一篇綜述¹總結(jié)了近來表觀遺傳檢測(cè)技術(shù)方面的進(jìn)展，一些新的技術(shù)可能使得這些類檢測(cè)價(jià)格降低、也更加高效，通過這些技術(shù)有可能使得研究者更好的了解疾病的機(jī)制、進(jìn)行相關(guān)藥物的研發(fā)。

其中之一是來自羅氏NimbleGen的SeqCapEpi方法，通過這個(gè)方法可以針對(duì)性地對(duì)基因組中某些區(qū)段的甲基化進(jìn)行研究，而無需對(duì)全基因組進(jìn)行重測(cè)序測(cè)序，從而大大降低了實(shí)驗(yàn)的測(cè)序費(fèi)用。這一方法基于序列捕獲的方法發(fā)展而來，在打斷樣本DNA、連接完二代測(cè)序接頭后進(jìn)行，重亞硫酸鹽處理和PCR擴(kuò)增，將未甲基化的胞嘧啶(C)轉(zhuǎn)化為胸腺嘧啶(T)，而甲基化的C將保持不變。而后進(jìn)行再利用特殊設(shè)計(jì)的探針進(jìn)行序列捕獲，富集目標(biāo)基因片段，最后在二代測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行定向測(cè)序。

在測(cè)序結(jié)果中，如果發(fā)現(xiàn)本應(yīng)為胞嘧啶(C)的堿基轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏?T)，表示其在樣本未甲基化；而如果胞嘧啶(C)沒有轉(zhuǎn)化，原來樣本中的胞嘧啶發(fā)生了甲基化修飾，從而可以判斷樣品中的甲基化位置以及甲基化水平。值得指出的是，NimbleGen設(shè)計(jì)探針時(shí)，對(duì)于一個(gè)區(qū)段的多種甲基化可能性進(jìn)行了考慮，同一個(gè)位置設(shè)計(jì)多個(gè)探針來保證不同情況的甲基化都能被有效捕獲。而且，NimbleGen SeqCapEpi將捕獲DNA正反雙鏈，以不發(fā)生甲基化的鏈的測(cè)序結(jié)果作為參考，來判斷胞嘧啶(C)轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏な腔蚪M發(fā)生的突變還是由于未甲基化的胞嘧啶經(jīng)重亞硫酸鹽處理的結(jié)果。這些設(shè)計(jì)都需要大量探針，才能保證捕獲效果，充分體現(xiàn)了NimbleGen高密度探針設(shè)計(jì)生產(chǎn)的能力。

NimbleGen即將上市的SeqCapEpi產(chǎn)品，包括對(duì)全基因組CpG島檢測(cè)的目錄產(chǎn)品，該產(chǎn)品包括了目前常用一款450K甲基化芯片的所有位點(diǎn)，通過1/4 HiSeq Lane 測(cè)序可給出全基因組水平的5多百萬個(gè)CpG島直接的序列信息，進(jìn)行甲基化的多樣性數(shù)據(jù)。此外，還有一系列可由客戶自由選擇目標(biāo)區(qū)域的，定制性甲基化序列捕獲探針，自選目標(biāo)區(qū)域從10Kb-210Mb區(qū)域。預(yù)計(jì)這些產(chǎn)品將于第一季度在中國上市，希望可以補(bǔ)充、滿足更多甲基化相關(guān)研究者的實(shí)驗(yàn)需求，提供更多的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)方案。

1. Revved-up epigenetic sequencing may foster new diagnostics.Duhaime-Ross A.Nat Med. 2014 Jan 7;20(1):2. doi: 10.1038/nm0114-2.

僅用于生命科學(xué)研究，不用于診斷

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