羅氏與KapaBiosystems合作推出序列捕獲建庫(kù)試劑盒

瀏覽次數(shù)：5348　發(fā)布日期：2014-1-20　來(lái)源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處

羅氏與KapaBiosystems公司合作升級(jí)NimbleGen現(xiàn)有的二代測(cè)序目標(biāo)序列捕獲方案，KapaBiosystems公司將為羅氏NimbleGen定制二代測(cè)序建庫(kù)試劑盒，搭配NimbleGen的各款序列捕獲產(chǎn)品使用。該款試劑盒將有羅氏NimbleGen負(fù)責(zé)銷售，該產(chǎn)品已經(jīng)在國(guó)內(nèi)上市。

通過(guò)這次與Kapa的合作，客戶將可以從羅氏NimbleGen購(gòu)買到捕獲測(cè)序上機(jī)前的所有實(shí)驗(yàn)用的試劑，換而言之，即NimbleGen提供包括二代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建試劑、目標(biāo)區(qū)域捕獲探針、雜交洗脫試劑等等各實(shí)驗(yàn)步驟的試劑。捕獲實(shí)驗(yàn)操作方法、流程也再次進(jìn)行了測(cè)試和優(yōu)化，更新標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)操作手冊(cè)¹。內(nèi)部測(cè)試數(shù)據(jù)表明新試劑盒可以用于低起始量樣品建庫(kù)后進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域捕獲，包括可用于福爾馬林包被（FFPE）的樣品外顯子組或其他捕獲測(cè)序，相關(guān)技術(shù)文獻(xiàn)可從NimbleGen官方網(wǎng)頁(yè)下載²。除可用于低起始量的樣本建庫(kù)外，此次推出的建庫(kù)試劑盒，相比其他同類實(shí)驗(yàn)，可以減少建庫(kù)的GC偏好，保證更好的文庫(kù)多樣性，從而提高探針捕獲后的富集效果。

圖1：不同起始量樣本進(jìn)行SeqCap EZ Exome v3捕獲測(cè)序的結(jié)果（每個(gè)樣本以隨機(jī)抽取75M條測(cè)序數(shù)據(jù)位標(biāo)準(zhǔn)）�？梢�(jiàn)即使低至10 ng起始量，在目標(biāo)區(qū)域的覆蓋度上都是相當(dāng)?shù)摹?/FONT>

圖2：此次推出的建庫(kù)試劑盒可以提高測(cè)序結(jié)果的均一度。圖中橫坐標(biāo)顯示了捕獲目標(biāo)區(qū)域上GC含量，縱坐標(biāo)表示該GC含量的目標(biāo)區(qū)段的測(cè)序深度。藍(lán)色為此次推出試劑盒的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，相比紅色用其他方法進(jìn)行實(shí)驗(yàn)的結(jié)果，可以看到此次推出的建庫(kù)試劑在AT富集和GC 富集區(qū)域的測(cè)序深度都有提高。

對(duì)于此次合作，羅氏NimbleGen公司總裁Rebecca Selzer表示：”羅氏NimbleGen不但一直追求技術(shù)上的創(chuàng)新，我們也不斷努力為客戶帶來(lái)更便捷的體驗(yàn)。這次通過(guò)我們兩家公司的合作，整合優(yōu)秀的產(chǎn)品，將為我們的客戶帶來(lái)更完整、更高效的實(shí)驗(yàn)體驗(yàn)�！盞apaBiosystems公司的創(chuàng)始人及首席技術(shù)官John Foskett也表示：”與羅氏NimbleGen的合作，整合兩個(gè)具有互補(bǔ)性的產(chǎn)品，提供優(yōu)異的定向捕獲富集方案，可對(duì)更多種類、不同樣本量的樣本實(shí)現(xiàn)高質(zhì)量測(cè)序。我們將致力于持續(xù)提高產(chǎn)品，提供更多測(cè)序解決方案。

除新的建庫(kù)試劑盒外，羅氏NimbleGen也推出了一些新的試劑，包括新版的擴(kuò)增試劑、大豆、玉米、大麥、小麥等外顯子組捕獲探針等。更多產(chǎn)品相關(guān)信息請(qǐng)瀏覽羅氏NimbleGen官方網(wǎng)頁(yè)www.nimblegen.com。

NIMBLEGEN 及 SEQCAP是羅氏注冊(cè)商標(biāo)，KAPA是KapaBiosystems的注冊(cè)商標(biāo)，歸各自公司所有。

1. Roche NimbleGen. (2013). SeqCap EZ Library SR User’s Guide. Roche NimbleGen Inc., Madison, WI. Retrived from http://www.nimblegen.com/products/lit/06588786001_SeqCapEZLibrarySR_UGuide_v4p2.pdf

2. Raterman, D., Jefferson, K., Wendt, J., Brockman, M., and Burgess,D. (2013). Target enrichment protocol for preparing formalinfixedparaffin embedded (FFPE) tissue samples fornext-generation sequencing. Roche NimbleGen Inc., Madison, WI. http://www.nimblegen.com/products/lit/07180748001_FFPE_ApplicationNote_12092013.pdf

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