Amgen(安進(jìn))公司選擇454測(cè)序平臺(tái)以尋找適用于癌癥藥物治療的新位點(diǎn)

 

摘自Julia Karow  Apr 27, 2010  GenomeWeb

全球著名生物制藥公司美國(guó)Amgen(安進(jìn))公司上周表示，通過(guò)使用二代測(cè)序技術(shù)分析腫瘤樣本來(lái)尋找新的生物標(biāo)志物，能用于預(yù)測(cè)直腸癌的藥物治療效果。

在這項(xiàng)研究中，科研人員及Amgen研究人員利用羅氏454測(cè)序平臺(tái)對(duì)EGFR抑制劑(表皮生長(zhǎng)因子受體抑制劑)Vectibix的臨床試驗(yàn)中的320例腫瘤樣本的9個(gè)基因進(jìn)行測(cè)序�！皳�(jù)我們所知，這是首次利用下一代測(cè)序技術(shù)來(lái)分析臨床三期試驗(yàn)的腫瘤樣本，這將大大推進(jìn)我們正在進(jìn)行的臨床研究”。安特衛(wèi)普大學(xué)醫(yī)院及該項(xiàng)目首席研究員Marc Peeters這樣說(shuō)道。

這項(xiàng)研究的目的在于闡明直腸癌中9個(gè)已知基因的突變是否能夠預(yù)測(cè)Vectibix或Panitumumab藥物治療效果。 已知KRAS基因突變代表藥物治療反應(yīng)不佳。

研究人員通過(guò)454平臺(tái)對(duì)AKT1、BRAF、CTNNB1、EGFR、KRAS（外顯子3）、NRAS、PIK3CA、PTEN和TP53基因的突變進(jìn)行測(cè)序。這些基因都直接或間接地參與EGFR信號(hào)通路。

研究人員共對(duì)43個(gè)外顯子進(jìn)行擴(kuò)增，并由5.7M條測(cè)序讀長(zhǎng)中得到1.26Gb數(shù)據(jù)。320例樣本中，有288例得到平均每位病人的7.85個(gè)基因結(jié)果，基因完整率達(dá)84%-99%。研究人員通過(guò)結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在9個(gè)基因中都存在突變。50例腫瘤樣本有一個(gè)以上的突變基因，20例樣本中單個(gè)基因內(nèi)均有多處突變。

研究人員總結(jié)：“高靈敏度的454測(cè)序幫助他們發(fā)現(xiàn)了預(yù)期外的患者腫瘤樣本的基因型復(fù)雜性”。

Vectibix顯著改善KRAS野生型腫瘤患者的無(wú)進(jìn)展存活(progression-free survival)，而對(duì)于KRAS突變型腫瘤患者的無(wú)進(jìn)展存活未顯作用。 除了KRAS外，NRAS突變也與Vectibix無(wú)療效相關(guān)。Vectibix能顯著提高KRAS及NRAS野生型腫瘤患者的無(wú)進(jìn)展存活，而Vectibix對(duì)NRAS突變型腫瘤難以起作用。 研究人員還發(fā)現(xiàn)高于預(yù)期的KRAS與BRAF或NRAS共突變，對(duì)于這一發(fā)現(xiàn)，Amgen公司會(huì)做更進(jìn)一步的大量研究以確定BRAF突變的預(yù)期值。

Amgen公司的分子科學(xué)部門使用454測(cè)序平臺(tái)已超過(guò)1年半，在腫瘤藥物開(kāi)發(fā)領(lǐng)域有突出應(yīng)用。

參與Vectibix項(xiàng)目的Amgen公司首席科學(xué)家Alex Parker表示，自去年以來(lái)，Amgen已經(jīng)通過(guò)454測(cè)序平臺(tái)分析了1000例樣本，并將對(duì)已完成和正在進(jìn)行的臨床試驗(yàn)樣本進(jìn)行越來(lái)越多的此類研究分析。

 

可以說(shuō)羅氏454測(cè)序儀在測(cè)序讀長(zhǎng)，測(cè)序準(zhǔn)確性和靈敏度上的獨(dú)特優(yōu)勢(shì)，將帶動(dòng)更廣泛的臨床研究。