Fluidigm公司聯(lián)手Ludwig癌癥研究院在一周內(nèi)測定96個試樣的900個基因表達(dá)

國際性研究機(jī)構(gòu)Ludwig癌癥研究院（Ludwig Institute for Cancer Research，簡稱LICR）圣保羅分院使用Fluidigm公司的BioMark系統(tǒng)進(jìn)行大規(guī)模分析，以該院前所未有的速度，完成對全部人類“表面基因組”（surfaceome，負(fù)責(zé)細(xì)胞表面蛋白質(zhì)編碼的一組基因）的特征分析。這次試驗(yàn)在Fluidigm公司的南圣弗朗西斯科實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行，LICR團(tuán)隊(duì)原本要數(shù)月時間才能完成的工作，這次一周就完成了。

LICR巴西圣保羅分院的Julia Pinheiro Chagas da Cunha博士說，“我去Fluidigm公司工作了一周，目標(biāo)是分析96個試樣中900個基因的表達(dá)。最開始，我覺得這個任務(wù)不可能完成，到最后卻發(fā)現(xiàn)，用集成流體通路，居然可以做到！ Fluidigm公司的動態(tài)陣列（dynamic array）確實(shí)不同一般。采用不到10微克的RNA，只要幾個小時的時間，就有可能得到有用的數(shù)據(jù)，用這種方法，可以分析活組織檢查等情況下少量組織中的基因表達(dá)�！�

LICR團(tuán)隊(duì)借助結(jié)腸、肺臟、前列腺和乳房部位試樣（以及對照試樣）的腫瘤穿刺活檢，來進(jìn)行試驗(yàn)。da Cunha博士使用Fluidigm公司新推出的96.96動態(tài)陣列，一天只花費(fèi)四小時親自動手勞動，就能處理55000個數(shù)據(jù)點(diǎn)。

　 Fluidigm公司總裁兼首席執(zhí)行官Gajus Worthington解釋說，Ludwig癌癥研究院 在工作中使用Fluidigm的48.48動態(tài)陣列�！暗�是，用我們新推出的96.96動態(tài)陣列的話，所有這些基因表達(dá)工作就能 快完成，或者說，在相同的一周時間內(nèi)，能夠以更低的成本，處理完成四倍數(shù)量的樣本�！�

利用人類基因組序列以及有關(guān)癌癥表達(dá)基因的大量數(shù)據(jù)，Ludwig癌癥研究院正在進(jìn)行多項(xiàng)研究，試圖對癌癥中差異表達(dá)的基因進(jìn)行特征分析。Ludwig研究院Sandro J. de Souza博士說，“為了分析整個人類‘表面基因組’（surfaceome）的特征，我們進(jìn)行了一次大規(guī)模的分析。我們將基因表達(dá)數(shù)據(jù)整合到‘表面基因組’知識庫中，發(fā)現(xiàn)了可能在惡性膠質(zhì)瘤（glioblastoma）和結(jié)腸瘤中差異表達(dá)的待確定基因，接下來，我們想要用大規(guī)模的qPCR方法來驗(yàn)證部分待確定基因。在我們的qPCR研究階段，F(xiàn)luidigm公司的96.96動態(tài)陣列將發(fā)揮至關(guān)重要的作用。”

Fluidigm公司的新款BioMark 96.96動態(tài)陣列使用納升數(shù)量級的金標(biāo)準(zhǔn)TaqMan探針，能夠同時進(jìn)行9216個實(shí)時的PCR實(shí)驗(yàn)。這套新一代集成流體通路裝置能夠幫助生命科學(xué)研究人員進(jìn)一步達(dá)到新的成本水平，使后勤更加靈活和高效，并從微量的試樣中取得更完整的圖譜。

使用10uL的反應(yīng)量，將Fluidigm公司的新款96.96動態(tài)陣列與業(yè)界標(biāo)準(zhǔn)的384微孔板系統(tǒng)比較，可以發(fā)現(xiàn)，96.96動態(tài)陣列能夠顯著提高生產(chǎn)率和效率。
——通量提高24倍：一個96.96動態(tài)陣列能夠提供9216個并行的數(shù)據(jù)點(diǎn)，相當(dāng)于24塊384微孔板片的處理能力。

——master mix混合液的用量減少192倍：9216次反應(yīng)所需的混合液分別為：240微升和46080微升。
——準(zhǔn)備過程的復(fù)雜度降低96倍：每進(jìn)行9216次反應(yīng)，96.96動態(tài)陣列只需要192步移液操作，而為了準(zhǔn)備相同數(shù)量的微孔板片試驗(yàn)，需要完成18432步移液操作。

關(guān)于Fluidigm公司： 　
　　 Fluidigm公司開發(fā)、生產(chǎn)、銷售其獨(dú)有的集成流體通路（IFC）系統(tǒng)，能夠顯著提高生命科學(xué)研究的生產(chǎn)率。借助Fluidigm的集成流體通路，能夠?qū)�極微量的試驗(yàn)對象同時進(jìn)行成千上萬次復(fù)雜的生化測定。這種生物學(xué)集成通路是通過在單一的微型設(shè)備上對液體處理部件進(jìn)行微型化和集成處理而實(shí)現(xiàn)的。Fluidigm公司的IFC系統(tǒng)由儀器、軟件和一次性使用的集成流體通路裝置組成，與傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)室系統(tǒng)相比，該系統(tǒng)擴(kuò)大了通量，降低了成本，提高了靈敏度。Fluidigm公司的產(chǎn)品已獲得美國食品藥品管理局（FDA）的批準(zhǔn)，可用于診斷、檢定，且僅限于研究用途。

（轉(zhuǎn)載）

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